Մրգաձորի Խաչը գտնվում է Սյունիքի մարզի Խոտ գյուղի հին բնակավայրի տարածքում՝ հսկա ուղղաձիգ ժայռի ստորոտին։ Եկեղեցին փոքրածավալ միանավ կառույց է, որը մասամբ հենված է ժայռային միջավայրին։ Այն մոտ 10 մ երկարություն և 6 մ լայնություն ունի։
Եկեղեցու առջևի տարածքը խիստ զառիթափ է։ Տեղացիների վկայությամբ հնում
այնտեղ եղել է փոքրիկ տափարակ, ուր շքեղ արարողություններով նշել են
Համբարձման տոնը։
Համաձայն եկեղեցու բանավորին արված հինգտողանի արձանագրության՝ Մրգաձորի եկեղեցին կառուցել են տվել Խանածախ գյուղում ապրող Քաշաթաղի Մելիք-Հախնազարի որդի Բահադուր բեկը (Պհաթուր Պակ) և նրա մայր, Մելիք-Հախնազարի կին Մահփարին՝ 1700 թվականին:
Մրգաձորի եկեղեցու պատի շարվածքի մեջ հայտնաբերվել է երկար ու նեղ
սալ քարի վրա արված ավելի հին արձանագրություն։ Համաձայն այդ արձանագրության ենթադրվում է, որ եկեղեցին ունեցել է Սուրբ Աստվածածին անունը։
Մրգաձորի Խաչի տարածքում հայտնաբերվել են վաղքրիստոնեական շրջանի ճարտարապետական բեկորներ։
