Il lago Aygr si trova nella provincia di Armavir, nella parte settentrionale della pianura dell’Ararat, a un’altitudine di circa 860 m sul livello del mare. Il lago si è formato grazie alle sorgenti sotterranee di acqua dolce che sgorgano dalle pendici meridionali dell’Aragats e si riversano nella pianura dell’Ararat. La sponda settentrionale è elevata e rocciosa, mentre le altre sponde sono pianeggianti.
La superficie del lago è di circa 0,03 km², la profondità massima è di 9,4 m, il bacino idrografico copre circa 5 km² e il volume d’acqua è di circa 310.000 m³. Nel piccolo bacino di Aygr–Metsamor sono state registrate circa 187 specie di piante superiori da fiore appartenenti a 44 famiglie e 104 generi. Qui convivono comunità vegetali acquatiche, palustri, alofite, desertiche e semidesertiche.
Il progetto della stazione di pompaggio (presa d’acqua) del lago Aygr è opera del famoso architetto Alexander Tamanian.