Der Aygr-See liegt in der Provinz Armavir im nördlichen Teil der Ararat-Ebene auf einer Höhe von etwa 860 m über dem Meeresspiegel. Der See entstand durch unterirdische Süßwasserquellen, die aus den südlichen Ausläufern des Aragats in die Ararat-Ebene münden. Das Nordufer ist erhöht und felsig, während die übrigen Ufer flach sind.
Die Oberfläche des Sees beträgt etwa 0,03 km², seine maximale Tiefe liegt bei 9,4 m, sein Einzugsgebiet umfasst etwa 5 km² und sein Wasservolumen beträgt etwa 310.000 m³. Für das kleine Aygr-Metsamor-Becken wurden etwa 187 Arten höherer Blütenpflanzen aus 44 Familien und 104 Gattungen erfasst. Hier kommen Wasser-, Sumpf-, Halophyten-, Wüsten- und Halbwüsten-Pflanzengruppen nebeneinander vor.
Der Entwurf der Pumpstation (Wasserentnahmestation) des Aygr-Sees stammt von dem renommierten Architekten Alexander Tamanian.
