Монастырь Кобайр расположен в Лорийской области, в окрестностях села Кобайр, к западу от железнодорожной станции Кобер, на левом склоне ущелья Дебед. Здания комплекса возвышаются на уступах различной высоты, образованных среди скал. Здесь сохранились фрагменты церквей, часовен, крепостной стены, трапезной и светских построек.
Самым древним датированным сооружением комплекса является церковь Мариамашен. Надпись, высеченная на перемычке западного входа, гласит, что она была построена в 1171 году Мариам, дочерью царя Кюрике II. Церковь однонефная и покрыта полуцилиндрическим сводом. Круглое окно над входом окружено декоративными резными кольцами, а над ним высечен равнораменный крест, заключенный в круг.
В 1279 году в комплексе была построена колокольня-мавзолей с открытыми арками. В грузинской надписи, сохранившейся на её южной стене, упоминаются сын Шахншаха и его жена Ванени. В период правления Закарянов Кобайр также служил местом захоронения княжеской семьи.
У входа в колокольню высечена греческая аббревиатура из трех букв, образованная от греческого слова, означающего «церковь».
Большая церковь была построена в конце XII века на юго-восточной террасе комплекса. От сооружения сохранилась значительная часть апсиды, северная и западная стены, а также нижние ряды южной стены. Внутренняя поверхность базальтовых стен была оштукатурена и расписана. Фрагменты настенных росписей сегодня можно увидеть в апсиде и на северной стене платформы.
Настенные росписи Кобайра относятся к числу редких сохранившихся образцов армянской монументальной живописи XIII века. Искусствовед Ирина Дрампиан выделила в них плоскую композиционную структуру, сдержанную динамику фигур, чёткие контуры и восточно-христианский стиль.
Согласно исследованиям Тамары Дадаян, в Кобайре изображён ритуальный тип «Тайной вечери» со сценой причастия. Композиция разделена на две симметричные части, а Христос изображён дважды, причащающий апостолов с обеих сторон.
В Кобайре архитектура, армянские и грузинские надписи, а также настенная живопись объединены в одном месте, отражая политические, религиозные и художественные взаимосвязи Лори XII–XIII веков.
